Scott Thomas sinh tại Redruth, Cornwall. Mẹ của bà, Deborah (nhũ danh Hurlbatt), lớn lên ở Hồng Kông và châu Phi, và học kịch nghệ trước khi kết hôn với cha của Scott Thomas.[3] Cha của bà - trung tá Simon Scott Thomas - một phi công thuộc đơn vị Fleet Air Arm của Hải quân Hoàng gia Anh bị tử nạn trong một tai nạn máy bay năm 1964.[4][5][6] Bà là chị của nữ diễn viên Serena Scott Thomas, và là cháu họ của đô đốc Sir Richard Thomas.

Scott Thomas là người Công giáo.[7][8] Bà sống thời thơ ấu ở Trent, Dorset, Anh. Mẹ của bà tái hôn với một phi công khác của Hải quân Hoàng gia Anh, người này cũng bị chết trong một tai nạn máy bay, 6 năm sau cái chết của người chồng trước. Scott Thomas theo học các trường tư Cheltenham Ladies' College và trường dành cho nữ sinh St. Antony's Leweston ở Sherborne, Dorset. Khi thôi học ở đây, bà di chuyển về Hampstead, London, và làm việc trong một cửa hàng bách hóa. Sau đó, bà bắt đầu học làm giáo viên kịch nghệ ở Central School of Speech and Drama. Khi được nói là mình sẽ không bao giờ trở thành một diễn viên giỏi, bà liền rời trường ở tuổi 19 và sang làm giúp việc ở Paris.[9] Nói tiếng Pháp lưu loát, bà vào học diễn xuất ở École nationale supérieure des arts et techniques du théâtre (ENSATT) tại Paris, và tốt nghiệp ở tuổi 25. Bà đóng cặp với ngôi sao nhạc pop Prince trong vai Mary Sharon - một phụ nữ Pháp thừa kế gia tài lớn – trong phim Under The Cherry Moon năm 1986.Trong bộ 3-CD LOtUSFLOW3R năm 2009 của mình, album MPLSoUND có bài hát mang tên "Better With Time", mà Prince nói là một bài thơ ca ngợi Kristin.